L’Observatoire national de la biodiversité (ONB) fournit une évaluation scientifique, transparente et objective de l’état de la biodiversité en France. Un ensemble d’indicateurs robustes est élaboré et actualisé régulièrement pour dresser l’état des connaissances ainsi que pour suivre l’évolution de la biodiversité et les pressions qu’elle subit.

Réservoirs de biodiversité d’importance internationale, les milieux humides sont sujets à de multiples pressions. Mieux les connaitre est un impératif pour mener une politique de préservation et de restauration de ces habitats.

On estime que, début 2025, les zones humides connues et inventoriées couvraient 4,2 % de la surface du territoire hexagonal, avec des proportions variant entre 0,5 % et 9,4 % selon les régions. Toutefois, ces chiffres doivent être relativisés au regard du degré d’avancement des inventaires dans chaque région. En effet, dans plus de la moitié d’entre elles, le taux de couverture des inventaires est inférieur ou égal à 50 %.

Il convient également de préciser d’autres raisons d’incertitudes liées aux modes de réalisation des inventaires ainsi pris en considération :

• plusieurs territoires ont fait le choix de ne pas prospecter certains périmètres géographiques pour diverses raisons : faible probabilité de présence de zones humides, terrains cultivés ou terrains ouverts à l’urbanisation … Les prospections sont réalisées majoritairement dans les secteurs topographiquement bas et à proximité de cours d'eau (par ex. fonds de vallées), alors que les zones humides de plateaux, dépressions, sources et suintements sont très largement sous-inventoriées.
• les inventaires s’appuient préférentiellement sur la présence de végétation ou d’habitats caractéristiques des zones humides. Cependant, sur l’essentiel des zones humides exploitées par des activités humaines, notamment agricoles, le critère « végétation hygrophile » est en général absent et seuls les critères pédologiques, encore peu mobilisés à ce jour, seraient applicables.
• certains inventaires de zones humides ont fait l’objet de concertations locales qui ont pu réduire les périmètres de zones humides inventoriées en fonction des enjeux locaux.  

Au regard de ces limites, il faut considérer que la part de zones humides inventoriées est sous-évaluée. La réalisation et la mise à jour des inventaires de zones humides ainsi que le partage des données restent un enjeu fort, qui doit être poursuivi dans le cadre du Système d’Information sur l’eau (SIE).