L’indice est calculé chaque année à partir des données de la surveillance des cours d’eau en distinguant France métropolitaine et Outre-Mer, notamment pour des raisons d'ajustements méthodologiques liés entre autres à  la disponibilité des données. Celles-ci sont produites et mises à disposition sous la responsabilité des offices de l’eau. Ces données proviennent soit des réseaux de surveillance liés à la mise en œuvre de la Directive-Cadre sur l’Eau (DCE), soit de réseaux complémentaires. Elles sont issues d’analyses réalisées par des laboratoires agréés par le Ministère chargé de l’environnement.

L’indice est calculé à l’échelle de chaque point de mesure en cours d’eau. Il suit l'évolution de la concentration cumulée en pesticides au regard de l’écotoxicité de chacun. Il est déclinable à l’échelle du point de mesure, d’un bassin et à l’échelle nationale, via une agrégation des points.

Il prend en compte les substances actives, ainsi que leurs métabolites éventuels, présents dans les cours d’eau la dernière année de la période étuidiée.

Compte-tenu des changements pouvant intervenir dans la surveillance des cours d’eau, l’indice est calculé sur la base d’un champ de calcul constant, strictement comparable d’une année sur l’autre (période glissante de deux ans).

L’indice suit l’évolution, par point de mesure, de la concentration cumulée des pesticides qui y sont recherchés, à partir de leurs concentrations moyennes annuelles, au regard de leurs concentrations sans effet prévisible dite PNEC (Predicted No Effect Concentration) assimilées à l’écotoxicité. Ces seuils correspondent à la concentration maximale sans risque pour les algues, poissons ou daphnies.

L’objectif principal étant d’apprécier une évolution de la contamination, et non un état, des critères de calcul ont dû être appliqués, explicités ci-dessous, et certaines substances non signifiantes ont été écartées.

1/ La concentration moyenne annuelle de chaque substance active est calculée par moyenne arithmétique des données de surveillance et ce, sur chaque point de mesure. Pour cela, seuls les points présentant plus de deux analyses dans l’année de la substance sont conservés. Les analyses non quantifiées sont remplacées par la moitié de la valeur de la limite de quantification, conformément aux préconisations de la DCE.

2/ Par an, par point et par substance, le rapport à la PNEC est ensuite calculé.

3/ Par couple d'années, par point, l'évolution de la somme des rapports aux PNEC des différentes substances est étudiée sur un champ de substances suivies strictement comparable d’une année n à n-1 et en appliquant :

• un champ constant de substances (les substances prises en compte sont les mêmes pour un point donné, les deux années considérées) ;
• en imposant des performances analytiques comparables (pour un point donné, par substance, les limites de quantification sont redressées si nécessaire sur la plus haute, pour être égales et constantes les deux années considérées) ;
• un filtre sur le non–quantifié (les substances qui ne sont jamais quantifiées sur un point donné sur toute la période d’étude sont écartées du calcul) ;
• en calculant un coefficient d’évolution relative (rapport des sommes de ratios calculées les deux années).

 et avec un champ de substances suivies strictement comparable d’une année n à n-1

4/ L’indice est calculé tous les ans, par rapport à l’année précédente. Le coefficient d’évolution est calculé à l’échelle du point de mesure et agrégé, par moyenne géométrique, à l’échelle du territoire considéré. Ces coefficients d’évolution servent au chaînage des indices pour construire les séries d’indice en base 100 en 2008.

5/ L’écotoxicité de chacun est renseignée grâce aux éléments transmis dans le cadre du plan Ecophyto, complétés si besoin, et par ordre de priorité, par les données liées à la Directive-Cadre sur l’Eau ou à partir de la base de données Agritox recensant les données transmises lors de l’homologation de la substance, puis, par défaut pour les substances inconnues, par les seuils de potabilité (cas marginal). Le seuil d’écotoxicité de la molécule mère est affecté à ses éventuels métabolites.

L’indicateur travaillant sur des cumuls a un effet intégrateur. Pour augmenter la sensibilité, un filtre est appliqué en entrée sur les substances quantifiées. Ce filtre a montré son efficacité avec un réel gain de sensibilité. L’indicateur traduit malgré tout les effets réels de certaines interdictions, justification a posteriori de sa sensibilité.