Espèces considérées dans le calcul de l’indicateur
La valeur de l’indicateur rencontre des problèmes quand une des espèces atteint de très faibles abondances ou disparaît : en cas d’extinction d’une espèce, la valeur de l’indicateur devient nulle. Par ailleurs, quand la moyenne est trop faible par rapport à l'écart type estimé, la distribution probabiliste suivie par l'estimateur est mal connue (Lajeunesse 2015). Pour éviter ce type de problème, il ne faut considérer que des espèces suffisamment abondantes. Après avoir essayé plusieurs méthodes, nous avons ici fait le choix de ne retenir que les espèces suffisamment abondantes pendant toutes les périodes de 5 années couvertes par l'indicateur, car définir les espèces communes sur la première période uniquement implique un biais dans la métrique (Palmer, 1993). Ainsi, seules les espèces dont le demi-intervalle de confiance à 95% était inférieur à 1.96/3 fois la valeur estimée durant toutes les périodes d’inventaire ont été considérées (valeur inspirée de Lajeunesse 2015).
Par ailleurs, l’indicateur s’intéresse en priorité aux espèces indigènes. Le caractère indigène des espèces a été apprécié à l’échelle de la région biogéographique, à partir des listes d’indigénat établies par l’IGN pour le rapportage à l’Union européenne de l’état de conservation des habitats (édition 2013-2018). Ainsi une espèce peut être considérée indigène dans une région biogéographique et non-indigène dans une autre (ex : sapin).
Ces sélections ont abouti à la définition d’une liste de 49 espèces indigènes communes (dont la liste se trouve dans le fichier de données disponible au téléchargement).
L’abondance est ici considérée en surface terrière, variable d’abondance des arbres utilisée très fréquemment dans le monde forestier. Elle mesure la somme totale ou par hectare des sections des troncs d’arbres à 1,3 m de hauteur. Elle est fournie par espèce et par région biogéographique, pour des périodes de cinq années par l’inventaire forestier. Elle prend la forme X ± Y m2, Y étant le demi-intervalle de confiance à 95% de chance de comprendre la valeur réelle du paramètre estimé (ici la surface terrière par espèce). À partir de ces informations, on calcule les mêmes quantités (moyenne et demi intervalle de confiance) sur la réunion des zones biogéographiques d’indigénat de l’espèce.

Calculs par espèce et par groupe d'espèces, une aide à l'interprétation de l'indicateur principal
Pour interpréter l'indicateur concernant les espèces indigènes, il a été jugé intéressant de le calculer également par espèce et pour différents groupes d'espèces : espèces regroupées selon leur type biologique (Raunkier), selon leur groupe successionnel, selon leur caractère abondant ou non durant la première période (par moitiés, séparation qui se trouve correspondre à un léger décrochement d'abondance).
Par ailleurs, l'indicateur a également été calculé pour les espèces non-indigènes communes, afin de comparer sa valeur à celle obtenue pour les espèces indigènes.

Moyenne d'abondance entre-espèces (y compris par groupe d'espèces)
La moyenne géométrique de l’abondance entre espèces est calculée en :

1. tirant au sort dans une loi log-normale (qui donne des valeurs strictement positives), produisant les mêmes moyenne et intervalle de confiance que celles de l’Inventaire, 10 000 valeurs aléatoires pour chaque espèce ;
2. pour chacune des séries de 10 000 valeurs aléatoires et chacune des périodes, calculant la moyenne géométrique (entre espèces) des valeurs ;
3. calculant ensuite le taux d’évolution de ces moyennes en divisant les 10 000 moyennes géométriques ainsi obtenues pour chaque période par la moyenne arithmétique des moyennes géométriques de la 1ère période qui est prise pour référence ;
4. puis en synthétisant le ratio des 10 000 valeurs par les 10 000 valeurs (ou une permutation aléatoire de ces valeurs) correspondantes de la première période (moyenne, intervalle de confiance) ;
5. transformant enfin la valeur en soustrayant 1 et en multipliant par 100 pour arriver à un pourcentage. Ainsi une valeur positive exprimera une augmentation d’abondance alors qu’une valeur négative exprimera une baisse de l’abondance moyenne.

Moyenne d'abondance par espèce
Les chiffres d’abondance par espèce sont analysés de la même façon, excepté qu’on ne prend plus la moyenne géométrique entre espèces à la deuxième étape.

La moyenne géométrique a l’avantage de bien refléter la moyenne – sur une échelle logarithmique – des taux multiplicatifs d’évolution de chacune des espèces (cf. aussi Buckland et al., 2005 et Van Strien et al., 2012). Par exemple, si une espèce voit son abondance multipliée par 1,1 alors qu’une espèce moins abondante que la première voit son abondance divisée par 1,1, le taux d’évolution moyen basé sur la moyenne géométrique sera de 1 (soit une valeur de l’indicateur de 0%), indiquant une stabilité globale, alors que le taux de la moyenne arithmétique sera supérieur à 1 (soit une valeur de l’indicateur positive) et indiquera une augmentation de la biodiversité, et dépendant du ratio initial entre abondance de l’espèce abondante sur celle de l’espèce moins abondante.