Les catégories de menaces sont définies en fonction de critères et de valeurs seuils relatifs au risque d'extinction : effectifs, nombre d'individus matures, superficie et degré de fragmentation de l'aire de répartition... La méthode est conçue pour permettre  l'évaluation du maximum d'espèces en limitant l'impact des critères non applicables par manque de connaissances. La méthodologie complète est téléchargeable sur le site de l’UICN.

Le calcul de l’indicateur repose sur la compilation des évaluations de la liste rouge nationale pour les groupes taxonomiques évalués en entier (reptiles de métropole, oiseaux de Mayotte…). Les groupes évalués à ce jour de façon partielle (flore de Martinique…) ne sont pas pris en compte pour ne pas ajouter un biais dans la proportion d’espèces menacées considérée. La part d'espèces éteintes ou menacées est estimée séparément pour les Vertébrés, les Invertébrés et la Flore, puis la moyenne des 3 indices est calculée.

Le calcul de l’ILR se fait ensuite pour chaque évaluation en multipliant le nombre d’espèces dans chaque catégorie Liste Rouge par le poids associé à cette catégorie (0 pour LC, 1 pour NT, 2 pour VU, 3 pour EN, 4 pour CR, 5 pour RE, EW et EX). La somme de ces produits est ensuite divisée par le produit du nombre d’espèces total associé au poids maximum (5). Ce total correspond directement à l’indice de risque d’extinction. Celui-ci est soustrait de 1 (Butchart et al., 2007) pour calculer l’ILR.

Selon les instructions de Bubb et al. (2009), les espèces évaluées comme éteintes (EX) à la première évaluation ne doivent pas être prises en compte. Par contre les espèces disparues régionalement (RE) doivent l’être (Juslén et al., 2016), puisqu’elles pourraient être redécouvertes au fur et à mesures des évaluations.

Les changements de statut de conservation peuvent être dûs à des changements autres que véritables (c’est-à-dire ne traduisant pas une réelle modification de leur état de conservation), par exemple suite à l’amélioration des connaissances ou à des changements de méthodologie. Pour ces espèces dont le changement de catégorie de conservation n’était pas véritable, nous avons considéré de manière conservatrice que le statut de la dernière évaluation s’appliquait également à la première évaluation (voir Szabo et al., 2012 pour une approche similaire).

Les espèces pour lesquelles les données étaient insuffisantes (statut DD) pour déterminer un statut de conservation ou appartenant à la catégorie non applicable (NA) lors des deux évaluations n’ont pas été incluses dans ce calcul. Les espèces nouvellement évalués qui ont été catégorisées comme DD ou NA n’ont pas été incluses non plus.